В web интерфейс вынесены не все настройки manager.conf, а только наиболее популярные.
command - "Permission to run CLI commands. Write-only."
это "разрешение" добавлять не планировали. при необходимости можно настроить пользователя AMI через раздел "Кастомизация системных файлов".
обратите внимание на статью по настройке zabbix, это альтернативный вариант:
https://wiki.mikopbx.ru/faq:zabbix