посыпалась база данных. размер не маленький, но не должен играть значения
в вашем случае похоже в поле id начали писаться не уникальные идентификаторы. не должно быть нескольких строк с одинаковым id.
можно пытаться вручную восстановить такую базу данных.
можно написать скрипт, который корректно "пронумирует" id
в новом релизе немного переработали взаимодействие с базой истории звонков, там только один процесс будет работать с db, должно стать лучше.