Да, проблема все таки связана с запросом истории звонков, отключил при очередном зависании этот модуль, и все прошло через минуту.
Попробовал
sqlite3 "/storage/usbdisk1/askoziapbx/astlogs/asterisk/master.db" "VACUUM;";
Вернуло ошибку Error: UNIQUE constraint failed: cel.AcctId
Вакуум проходит только если я удаляю лишние записи: DELETE FROM cdr WHERE start < date('now','start of month','-10 month','-1 day') и аналогично в cel.
На счет AGI тоже находил тему, но потом отбросил этот вариант, в логах не было ошибок да и восстанавливал систему из полного бэкапа. А до восстановления askozia ребутилась неоднократно.
Пока что в голове мысль о том что дурит база данных, и если не получится сжать ее вакуумом, скорее всего просто начнем новую историю звонков, но хотелось бы решить проблему более "деликатно")