есть ли ошибки в логе php?
Попробуйте во время звонка выполнить команду:
sqlite3 /storage/usbdisk1/mikopbx/astlogs/asterisk/cdr.db 'select * from cdr';
должен отобразиться текущий звонок.
попробуйте выполнить команду
sqlite3 /storage/usbdisk1/mikopbx/astlogs/asterisk/cdr.db 'vacuum'